在食品加工中，水果蔬菜類產品中的維生素是受保護成分。有研究發現，微波對維生素的破壞比常規加工要小的很多。因此，微波加工工藝對水果蔬菜很合適，從維生素營養價值方面來衡量，微波加熱是高質量的。
（1）、維生素C
其損失的主要原因是很容易被氧化。加熱是維生素C含量減少的主要原因，溫度越高，作用時間越長，維生素C損失越多。在加工過程中，高溫加熱時間越短，對保存維生素C越有利，微博加工比傳統方法加工的蔬菜中保存的維生素C多，其原因主要是微波加熱速度快，作用時間段。
（2）、維生素E
在微波輻射的作用下，植物油中的不飽和油脂酸、維生素E等不穩定成分會發生一定程度的變化，因而影響到植物油的品質。在不同的微波輻射時間下，植物油中維生素E的含量發生了顯著變化，但適宜的微波輻射強度能較好的保存食品中維生素E。
（3）、維生素B1，維生素B2，維生素B6和維生素A
維生素B1、維生素B2、維生素B6是B族維生素中對光和熱比較敏感的維生素，在加工過程中有不同程度的損失，維生素A對光和熱也很敏感，在高溫和有氧存在時，維生素A容易分解。微波對維生素B1、維生素B2、維生素B6無特別的影響，對維生素A存在輕微的破壞作用，但相對于傳統加工工藝來說影響小得多。
